Le allergie vere e proprie ai funghi sono rare, ma possono esistere.
Non è considerato un prodotto tipicamente allergenico, tanto che non ricorre in nessuna legislazione l’indicazione di segnalare i funghi come possibile contaminante (come accade, ad esempio, per la frutta a guscio). Si può essere allergici (o intolleranti) a determinate specie e non ad altre, ma in ogni caso, se non si ha familiarità con il consumo di funghi, è buona cosa iniziare con piccoli quantitativi.
Una delle sostanze di riserva dei funghi, uno zucchero chiamato Trealosio, viene degradato da uno specifico enzima di cui non tutti siamo “forniti” in misura uguale; per questo per alcuni soggetti i funghi possono risultare più o meno “digeribili”.